國際集裝箱多式聯(lián)運全程運費是由多式聯(lián)運經(jīng)營人向貨主一次計收。目前，多式聯(lián)運運費計收方式主要有單一運費制和分段運費制兩種。
　　1．按單一運費制計算運費
　　單一運費制是指集裝箱從托運到交付，所有運輸區(qū)段均按照一個相同的運費率計算全程運費。在西伯利亞大陸橋（SLB）運輸中采用的就是這種計費方式。原蘇聯(lián)從1986年起修訂了原來的7級費率，采用了不分貨種的以箱為計費單位的FAK統(tǒng)一費率。陸橋運輸開辦初期，從日本任何一個港口到布列斯特（原蘇聯(lián)西部邊境站）的費率為：385盧布／TEU，陸橋運輸?shù)倪\費比班輪公會的海運運費低20％～30％。
　　2．按分段運費制計算運費
　　分段運費制是按照組成多式聯(lián)運的各運輸區(qū)段，分別計算海運、陸運（鐵路、汽車）、空運及港站等各項費用，然后合計為多式聯(lián)運的全程運費，由多式聯(lián)運經(jīng)營人向貨主一次計收。各運輸區(qū)段的費用，再由多式聯(lián)運經(jīng)營人與各區(qū)段的實際承運人分別結(jié)算。目前大部分多式聯(lián)運的全程運費均采用這種計費方式，例如歐洲到澳大利亞的國際集裝箱多式聯(lián)運。日本到歐洲內(nèi)陸或北美內(nèi)陸的國際集裝箱多式聯(lián)運等�！�